Gen môi trường (eDNA) bao gồm các vật chất di truyền có mặt trong các mẫu ngoài môi trường như đất, nước và trầm tích có nguồn gốc từ các dấu vếch, chất bài tiết, hay phân, v.v. mà các sinh vật sống dưới nước để lại. Siêu mã hóa DNA (DNA metabarcoding) là việc mã hóa đồng thời các mã vạch DNA của nhiều sinh vật sống trong một mẫu môi trường bằng cách sử dụng khuếch đại phản ứng chuỗi PCR và giải trình tự thế hệ mới thông lượng cao (high-throughput next-generation sequencing (NGS)). Bằng cách này cho phép tạo ra dữ liệu đa dạng sinh học trong môi trường mà không cần phụ thuộc vào việc lấy mẫu, nuôi cấy hay phương pháp phân loại truyền thống. Phương pháp này cũng được áp dụng trên phân của các động vật săn mồi nơi còn giữ lại các mô còn xót lại của con mồi và từ đó có thể xác định sự hiện diện của các loài nguy cấp hoặc quý hiếm mà trước đây chưa được báo cáo. Để có được các phân tích thành công, điều quan trọng là phải sử dụng các bộ mồi PCR ngắn đa năng với sự khác biệt di truyền đủ cao cho phép phục hồi và biệt hóa tất cả các loài trong một nhóm phân loại. AquaGenTech cung cấp các dịch vụ siêu mã hóa DNA cho các quần thể vi khuẩn và động vật nhân chuẩn hay các nhóm phân loại thấp hơn (như cá, ngành giun đốt, v.v.) bằng cách thiết kế các bộ mồi PCR cụ thể cho từng đơn vị phân loại.
Phân tích siêu mã hóa DNA
1. Xây dựng thư viện
- eDNA extraction
- 1st PCR amplification
- 2nd PCR amplification
- NGS analysis
2. Phân tích tin sinh học
- Adaptor trimming
- OTU clustering
- Taxonomic assignment
- Diversity indices