ดีเอ็นเอสิ่งแวดล้อม (eDNA) ประกอบด้วยสารพันธุกรรมที่มีอยู่ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม เช่น ดิน น้ำ และตะกอน ที่ได้มาจากสิ่งมีชีวิตในน้ำและร่องรอยของพวกมัน เช่น การขับถ่าย อุจจาระ ฯลฯ
DNA metabarcoding `เป็นบาร์โค้ดของสิ่งมีชีวิตจำนวนมากที่อาศัยอยู่ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมพร้อมๆ กัน โดยใช้การเพิ่มจำนวนดีเอ็นเอด้วยเทคนิคPCR และการหาลำดับนิวคลีโอไทด์แบบไฮทรูพุท (high-throughput next-generation sequencing: NGS) เพื่อสร้างข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพในสภาพแวดล้อมโดยไม่ต้องอาศัยการสุ่มตัวอย่าง การเพาะเลี้ยง และการจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตแบบเดิมๆ นอกจากนี้ยังสามารถตรวจสอบว่ามีสัตว์ใกล้สูญพันธุ์หรือหายากที่ไม่เคยพบมาก่อน โดยใช้อุจจาระของสัตว์ที่มีเพียงเศษเนื้อเยื่อของเหยื่อ ดังนั้นการวิเคราะห์จะประสบความสำเร็จได้ สิ่งสำคัญคือต้องใช้ไพรเมอร์ PCR ที่สั้นและใช้งานได้หลากหลายโดยมีการแปรผันทางพันธุกรรมที่สูงเพียงพอ ซึ่งช่วยให้สามารถกู้คืนและแยกความแตกต่างของสปีชีส์ทั้งหมดภายในกลุ่มอนุกรมวิธานได้ AquaGenTech ให้บริการ DNA metabarcodingสำหรับกลุ่มสิ่งมีชีวิตพวกแบคทีเรียและยูคาริโอต และกลุ่มสิ่งมีชวิตที่มีลำดับต่ำกว่า (เช่น ปลาและหนอนปล้อง) โดยการออกแบบชุดไพรเมอร์ PCR เฉพาะเจาะจงกับสัตว์กลุ่มนั้น
การวิเคราะห์ DNA metabarcoding
1. การสร้างห้องสมุด
- eDNA extraction
- 1st PCR amplification
- 2nd PCR amplification
- NGS analysis
2. การวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ
- Adaptor trimming
- OTU clustering
- Taxonomic assignment
- Diversity indices